Митрополит Иоанникий (Иван Яковлевич Кобзев) родился 7 февраля 1938 г. в с. Новоселовка Беленихинского р-на Белгородской обл. в крестьянской семье.
В 1962 г. окончил Одесскую духовную семинарию.
16 ноября 1964 г. пострижен в монашество, 24 ноября рукоположен во иеродиакона.
В 1966 г. окончил Московскую духовную академию со степенью кандидата богословия.
С 1966 г. исполнял послушания иподиакона и ризничего при Патриархах Алексии I (Симанском) и Пимене (Извекове).
7 апреля 1969 г. рукоположен во иеромонаха.
18 июля 1971 г. возведен в сан игумена, 25 августа назначен преподавателем Одесской духовной семинарии, определен в число братии Успенского Одесского монастыря.
В 1983 г. возведен в сан архимандрита.
15 декабря 1986 г. назначен настоятелем Покровского собора г. Измаила и благочинным Измаильского округа Одесской епархии.
13 декабря 1988 г. в Успенском кафедральном соборе Одессы хиротонисан во епископа Славянского, викария Одесской епархии.
19 февраля 1990 г. назначен епископом Донецким и Луганским, 7 сентября 1991 г. — епископом новообразованной Луганской и Старобельской епархии.
7 апреля 1993 г. возведен в сан архиепископа.
19 июня 2002 г. возведен в сан митрополита.
31 мая 2007 г. Синод Украинской Православной Церкви принял решение о создании Северодонецкой епархии путем выделения ее из состава Луганской епархии. Синод постановил в дальнейшем именовать Преосвященных Луганской епархии «Луганский и Алчевский» и оставить управление Луганской епархией за Преосвященным Иоанникием.
Решением Синода Украинской Православной Церкви от 20 июля 2012 г. (журнал № 65) почислен на покой и выведен из числа постоянных членов Синода УПЦ. Местом постоянного пребывания определен г. Луганск с назначением настоятелем Николо-Преображенского собора г. Луганска.
Скончался 17 октября 2020 г. Отпевание состоялось 19 октября в Петропавловском кафедральном соборе г. Луганска. Погребен владыка за алтарем Петропавловского собора.